Өмір бойы Андрей Сахаров өте батыл адам болған. Ол құқық қорғаушы ретінде ашық сөйлеуден, Сталиндік саяси қуғын-сүргiнге қарсы тұрудан және ядролық сынақтарды тоқтатуды талап етуден қорықпады. Нәтижесінде, 60-шы жылдары ол ХҚК-нің бақылауында болды, оның пәтерінде үнемі тінту жүргізіліп, ғалымның өзі баспасөзде қудалана бастады.
Ауғанстандағы әскери қақтығыс басталған кезде Андрей Сахаров Кеңес әскерлерінің ол елге кіруіне түбегейлі қарсы болды. Нәтижесінде, 1980 жылдың басында ол тұтқындалып, жабық Горький қаласына (қазіргі Нижний Новгород) жер аударылды. Сондай-ақ, оны Ленин және Сталин сыйлықтарынан, Кеңес Одағының үш мәрте Батыры атағынан және барлық мемлекеттік наградаларынан айырды.
КСРО-ны бірнеше жыл басқарған Бас хатшы Андропов егер Сахаров өзі келіп кешірім сұраса, кешіруге дайын екенін айтты. Мұны білген Сахаров өз тарапынан ешқандай кешірім сұрау болмайтынын айтты. Көп ұзамай билікке Горбачев келді, кешірім жасалынатыны жөнінде хабарлау үшін ол Андрей Дмитриевичті өзі шақырып алды.
Қуғынға түскен кезде әйелімен бірге тұтқындалған ғалым үш рет наразылық білдіріп, 17 күннен бастап 178 күнге дейін аштық жариялады. Алғаш рет ол келіні үшін шетелге шығу құқығын талап етті, екіншісінде – әйелінің қылмыстық қудалауын тоқтатуды талап етті, ал үшіншісінде – әйеліне жүрекке күрделі операция жасау үшін шетелге шығуға рұқсат етілуін талап етті. Осы уақыт ішінде Сахаров бірнеше рет ауруханаға жатқызылды және сол кезде оны әр түрлі амалмен күштеп тамақтандыруға тырысты.
Андрей Сахаров өмірінде ешқашан байып көрген емес. Дәлірек айтқанда, оның қаражаты едәуір болды, бірақ 1969 жылы ол өзінің барлық жиған ақшасын Мәскеудегі онкологиялық орталықтың құрылысына және “Қызыл Крест” халықаралық ұйымына қайырымдылыққа жұмсады. Бұл сома өте қомақты -шамамен 139.000 рубль болды. Салыстыра келтіргенде, қарапайым инженер сол кезде айына 100-120 рубль алатын.